seq1 = /data/utswmc/elxr/ELXR-main/ELXRdb/NM_000438/sim4-NM_000438.in, 1489 bp seq2 = /data/utswmc/elxr/ELXR-main/ELXRdb/NM_000438/sim4-NT_005403.16.in (gi|88954065|ref|NT_005403.16|Hs2_5560), 84213157 bp >gi|31563350|ref|NM_000438.3| Homo sapiens paired box gene 3 (Waardenburg syndrome 1) (PAX3), transcript variant PAX3A, mRNA >gi|88954065|ref|NT_005403.16|Hs2_5560 Homo sapiens chromosome 2 genomic contig, reference assembly (complement) 1-451 (10840042-10840492) 100% -> 452-687 (10841810-10842045) 99% -> 688-817 (10843366-10843495) 100% -> 818-1489 (10844722-10845393) 100% 0 . : . : . : . : . : 1 AGGAGGAGACTCAGGCAGGCCGCGCTCCAGCCTCACCAGGCTCCCCGGCT |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 10840042 AGGAGGAGACTCAGGCAGGCCGCGCTCCAGCCTCACCAGGCTCCCCGGCT 50 . : . : . : . : . : 51 CGCCGTGGCTCTCTGAGCCCCCTTTTCAGGGACCCCAGTCGCTGGAACAT |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 10840092 CGCCGTGGCTCTCTGAGCCCCCTTTTCAGGGACCCCAGTCGCTGGAACAT 100 . : . : . : . : . : 101 TTGCCCAGACTCGTACCAAACTTTTCCGCCCTGGGCTCGGGATCCTGGAC |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 10840142 TTGCCCAGACTCGTACCAAACTTTTCCGCCCTGGGCTCGGGATCCTGGAC 150 . : . : . : . : . : 151 TCCGGGGCCTCCCCGTCCTCCCCTTTCCCGGGTTCCAGCTCCGGCCTCTG |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 10840192 TCCGGGGCCTCCCCGTCCTCCCCTTTCCCGGGTTCCAGCTCCGGCCTCTG 200 . : . : . : . : . : 201 GACTAGGAACCGACAGCCCCCCTCCCCGCGTCCCTCCCTCTCTCTCCAGC |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 10840242 GACTAGGAACCGACAGCCCCCCTCCCCGCGTCCCTCCCTCTCTCTCCAGC 250 . : . : . : . : . : 251 CGTTTTGGGGAGGGGCTCTCCACGCTCCGGATAGTTCCCGAGGGTCATCC |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 10840292 CGTTTTGGGGAGGGGCTCTCCACGCTCCGGATAGTTCCCGAGGGTCATCC 300 . : . : . : . : . : 301 GCGCCGCACTCGCCTTTCCGTTTCGCCTTCACCTGGATATAATTTCCGAG |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 10840342 GCGCCGCACTCGCCTTTCCGTTTCGCCTTCACCTGGATATAATTTCCGAG 350 . : . : . : . : . : 351 CGAAGCTGCCCCCAGGATGACCACGCTGGCCGGCGCTGTGCCCAGGATGA |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 10840392 CGAAGCTGCCCCCAGGATGACCACGCTGGCCGGCGCTGTGCCCAGGATGA 400 . : . : . : . : . : 401 TGCGGCCGGGCCCGGGGCAGAACTACCCGCGTAGCGGGTTCCCGCTGGAA |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 10840442 TGCGGCCGGGCCCGGGGCAGAACTACCCGCGTAGCGGGTTCCCGCTGGAA 450 . : . : . : . : . : 451 G TGTCCACTCCCCTCGGCCAGGGCCGCGTCAACCAGCTCGG |>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 10840492 GGTA...CAGTGTCCACTCCCCTCGGCCAGGGCCGCGTCAACCAGCTCGG 500 . : . : . : . : . : 492 CGGCGTTTTTATCAACGGCAGGCCGCTGCCCAACCACATCCGCCACAAGA ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 10841850 CGGTGTTTTTATCAACGGCAGGCCGCTGCCCAACCACATCCGCCACAAGA 550 . : . : . : . : . : 542 TCGTGGAGATGGCCCACCACGGCATCCGGCCCTGCGTCATCTCGCGCCAG |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 10841900 TCGTGGAGATGGCCCACCACGGCATCCGGCCCTGCGTCATCTCGCGCCAG 600 . : . : . : . : . : 592 CTGCGCGTGTCCCACGGCTGCGTCTCCAAGATCCTGTGCAGGTACCAGGA |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 10841950 CTGCGCGTGTCCCACGGCTGCGTCTCCAAGATCCTGTGCAGGTACCAGGA 650 . : . : . : . : . : 642 GACTGGCTCCATACGTCCTGGTGCCATCGGCGGCAGCAAGCCCAAG ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>. 10842000 GACTGGCTCCATACGTCCTGGTGCCATCGGCGGCAGCAAGCCCAAGGTG. 700 . : . : . : . : . : 688 CAGGTGACAACGCCTGACGTGGAGAAGAAAATTGAGGAATACAAA ..>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 10842050 ..AAGCAGGTGACAACGCCTGACGTGGAGAAGAAAATTGAGGAATACAAA 750 . : . : . : . : . : 733 AGAGAGAACCCGGGCATGTTCAGCTGGGAAATCCGAGACAAATTACTCAA |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 10843411 AGAGAGAACCCGGGCATGTTCAGCTGGGAAATCCGAGACAAATTACTCAA 800 . : . : . : . : . : 783 GGACGCGGTCTGTGATCGAAACACCGTGCCGTCAG TGAGTT |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||| 10843461 GGACGCGGTCTGTGATCGAAACACCGTGCCGTCAGGTA...CAGTGAGTT 850 . : . : . : . : . : 824 CCATCAGCCGCATCCTGAGAAGTAAATTCGGGAAAGGTGAAGAGGAGGAG |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 10844728 CCATCAGCCGCATCCTGAGAAGTAAATTCGGGAAAGGTGAAGAGGAGGAG 900 . : . : . : . : . : 874 GCCGACTTGGAGAGGAAGGAGGCAGAGGAAAGCGAGAAGAAGGCCAAACA |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 10844778 GCCGACTTGGAGAGGAAGGAGGCAGAGGAAAGCGAGAAGAAGGCCAAACA 950 . : . : . : . : . : 924 CAGCATCGACGGCATCCTGAGCGAGCGAGGTAAGCGGTGGCGCCTTGGGC |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 10844828 CAGCATCGACGGCATCCTGAGCGAGCGAGGTAAGCGGTGGCGCCTTGGGC 1000 . : . : . : . : . : 974 GGCGCACTTGCTGGGTGACTTGGAGGGCATCGGCTAGCTGACATTGGTGA |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 10844878 GGCGCACTTGCTGGGTGACTTGGAGGGCATCGGCTAGCTGACATTGGTGA 1050 . : . : . : . : . : 1024 TCTGACGGCAGCCAAGCCCAGCTCGGATCAAGGTCCCTTCATGCGCGGTG |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 10844928 TCTGACGGCAGCCAAGCCCAGCTCGGATCAAGGTCCCTTCATGCGCGGTG 1100 . : . : . : . : . : 1074 TCTCTGCGCCTGAGTAACGACATGGAACTGAAAGACCAGAGGGACACTAG |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 10844978 TCTCTGCGCCTGAGTAACGACATGGAACTGAAAGACCAGAGGGACACTAG 1150 . : . : . : . : . : 1124 GAATCAAAACAAACATTTCTATTCTGCTTAGTTTTTCTGTTTTGTAAATC |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 10845028 GAATCAAAACAAACATTTCTATTCTGCTTAGTTTTTCTGTTTTGTAAATC 1200 . : . : . : . : . : 1174 TTTCTTTCTTAACCACTTTCAGCCCCTGGGATTCTAGAACTGTGAATTGT |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 10845078 TTTCTTTCTTAACCACTTTCAGCCCCTGGGATTCTAGAACTGTGAATTGT 1250 . : . : . : . : . : 1224 GCTCTGTTGTAGGGGGCAGGGGAAGCTCTCACTCTGTTGCCATTAAATGT |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 10845128 GCTCTGTTGTAGGGGGCAGGGGAAGCTCTCACTCTGTTGCCATTAAATGT 1300 . : . : . : . : . : 1274 ATGAGACTGGGCATCTCTGAGCAATTGTAGGGCCGGGGATAGAGGGTACT |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 10845178 ATGAGACTGGGCATCTCTGAGCAATTGTAGGGCCGGGGATAGAGGGTACT 1350 . : . : . : . : . : 1324 TGAATCTTCAGAAGTTGAAGTAGCTTTTATGCCCTCAGGAAAGGCCCTGG |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 10845228 TGAATCTTCAGAAGTTGAAGTAGCTTTTATGCCCTCAGGAAAGGCCCTGG 1400 . : . : . : . : . : 1374 TCTCCGGAGTTTCCTCGCATTAAAGGAGAGAGAGAGAGAGTACTCTTTTG |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 10845278 TCTCCGGAGTTTCCTCGCATTAAAGGAGAGAGAGAGAGAGTACTCTTTTG 1450 . : . : . : . : . : 1424 GGCAACGGCCCTCCAAAATTGCCCCCACATTGGCTGCCTTATAAATATGT |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 10845328 GGCAACGGCCCTCCAAAATTGCCCCCACATTGGCTGCCTTATAAATATGT 1500 . : . 1474 CTGTGTGTTGACTGGT |||||||||||||||| 10845378 CTGTGTGTTGACTGGT